Jawa Timur dilintasi oleh jalan nasional sebagai jalan arteri primer, di antaranya jalur pantura (Anyer-Jakarta-Surabaya-Banyuwangi) dan jalan nasional lintas tengah (Jakarta-Bandung-Yogyakarta-Surabaya). Jaringan jalan tol di Jawa Timur meliputi jalan tol Surabaya-Gempol dan jalan tol Surabaya-Manyar. Saat ini tengah dikembangkan jalan tol trans-Jawa, di antaranya jalan tol Surabaya-Mojokerto-Kertosono-Madiun-Mantingan, jalan tol Gempol-Malang-Kepanjen, jalan tol Gempol-Probolinggo-Banyuwangi, serta jalan tol dalam kota Surabaya: tol lingkar timur dan tol tengah kota. Jembatan Suramadu yang melintasi Selat Madura menghubungkan Surabaya dan Pulau Madura telah selesai pembangunannya dan kini telah dapat digunakan.
Kota-kota di Jawa Timur dihubungkan dengan jaringan bus antarkota. Bus dengan Surabaya-Tuban-Semarang, Surabaya-Madiun-Yogyakarta, Surabaya-Malang, Surabaya-Kediri, dan Surabaya-Jember-Banyuwangi, umumhya beroperasi selama 24 jam penuh. Rute dengan jarak menengah dilayani oleh bus antarkota yang berukuran lebih kecil, seperti jurusan Surabaya-Mojokerto atau Madiun-Ponorogo. Rute dengan jarak jauh seperti Jakarta, Sumatera, dan Bali-Lombok umumnya dilayani oleh bus malam. Terminal Purabaya di Waru, Sidoarjo adalah terminal terbesar di Indonesia.
Setiap kabupaten/kota di Jawa Timur juga memiliki sistem angkutan kota (angkot) atau angkutan perdesaan (angkudes) yang menghubungkan ibukota kabupaten dengan daerah sekitarnya. Di Surabaya angkutan seperti ini dikenal dengan sebutan lyn atau bemo. Taksi dengan argometer dapat dijumpai di Surabaya-Gresik-Sidoarjo, Malang, dan Kediri. Sebagai alternatif taksi, di Surabaya terdapat angguna (angkutan serba guna), yang menggantikan helicak (di Jakarta disebut bajaj) sejak tahun 1990-an. Bus kota dapat dijumpai di Surabaya dan Jember. Becak adalah moda angkutan tradisional yang dapat dijumpai hampir di setiap wilayah, meski di sejumlah tempat dilarang beroperasi. Belakangan, terdapat becak bermesin yang dikenal dengan sebutan bentor (becak bermotor).
Kereta api
Sistem perkeretaapian di Jawa Timur telah dibangun sejak era kolonialisme Hindia-Belanda. Jalur kereta api di Jawa Timur terdiri atas jalur utara (Surabaya Pasar Turi-Semarang-Jakarta), jalur tengah (Surabaya Gubeng-Yogyakarta-Jakarta), jalur lingkar selatan (Surabaya Gubeng-Malang-Blitar-Kertosono-Surabaya), dan jalur timur (Surabaya Gubeng-Jember-Banyuwangi). Jawa Timur juga terdapat sistem transportasi kereta komuter dengan rute Surabaya-Sidoarjo-Porong, Surabaya-Lamongan, Surabaya-Mojokerto, Madiun-Kertosono, dan Malang-Kepanjen.
